Вы путаете теплое с мягким...

Когда вы используете (пусть и в личных целях) нелицензионное коммерческое ПО (равно как и музыку, фильмы, книги), вы наносите финансовый ущерб правообладателю. Вы не купили, а украли, значит правообладатель не получил денег, которые должен был получить. И с вас эти деньги можно взыскать. Это вопрос чисто гражданско-правовых отношений (насколько я помню, привлечь к уголовной ответственности в случае если вы не распространяли, а только использовали в личных целях, у нас невозможно).

В случае шифрования у нас речь шла совсем о другом, вовсе не о нелицензионном ПО! (есть огромное кол-во бесплатного и открытого софта для шифрования).
А о несоответствии алгоритмов шифрования, применяемом в этом ПО, российским ГОСТам. Которые предусматривают, что алгоритмы шифрования обязательно должны быть дырявыми, дабы ТЕ, КОМУ ПОЛОЖЕНО, в случае необходимости могли легко расшифровать зашифрованные таким алгоритмом дынные без получения ключей путем применения терморектального криптоанализа.

Например банки обязаны использовать средства шифрования, соответствующие ГОСТам. Российские конторы, разрабатывающие ПО, в котором используется криптография, обязаны использовать криптоалгоритмы, соответствующие ГОСТам.
Но обязать частное лицо использовать для шифрования личных файлов или личной переписки только определенные, разрешенные алгоритмы, мне кажется делом крайне маловероятным. С тем же успехом можно пытаться заставить людей заниматься сексом только в определенной позе, или носить только определенные прически (впрочем, с последним в КНДР вполне успешно справились).

Тем не менее, чисто теоретически не стоит исключать, что из цифровой свободы мы постепенно придем к цифровой диктатуре и цифровому тоталитаризму. Хотя, конечно, хочется надеяться на лучшее...