Насколько я понимаю, Минюст не занимался охраной мест заключения никогда (ну, за исключением, может быть, самых первых лет Советской власти - за них не ручаюсь

) - до последних времён, когда как раз это дело передали в Минюст.
А Внутренние войска - этот тот же НКВД (МВД после переименования Народных комиссариатов в министерства).