Возможно, потому что разряд молнии был особенно сильным. Или с коротким перерывом в самолет ударило две или более молний?
Но основную свою функцию система защиты от попадания молний выполнила - самолет остался в воздухе, и был полностью управляемый. Выключение радиосвязи и сервисных режимов управления самолетом усложняют управление, но не являются аварийной ситуацией.
ВОТ ЗДЕСЬ как мне кажется очень хороший разбор ситуации, произведенный профессионалами.

Решение о взлете принимает пилот на основании информации, получаемой с земли. Так что вопрос опять таки к пилотам - почему приняли решение о взлете, и почему не стали облетать грозовой фронт?

Однако это является абсолютно нормальным режимом управления самолетом, в котором пилоты ОБЯЗАНЫ уметь работать.

Пока же получилось так, что не особо удачный и коммерчески успешный, но абсолютно управляемый самолет, находящийся в нормальном режиме работы, обеспечивающем безопасный полет и посадку, ясным днем на длинной свободной сухой ВПП пилоты со всей дури приложили об землю