Как лететь до Манил, выбрать самый дешевый билет: это тебе skyscanner в помощь.

Если ты знаешь, когда полетишь обратно, покупай билет туда-обратно (Москва-Бангкок) на нужные даты. Только потом до Манилы полетишь? Если до Манилы, тогда потом куда если Боракай, сибу и т.д, то да. Но ты же вроде хотел на Палаван?
Может проще взять перелет Москва - Гонконг, а оттуда перелететь уже на Палаван. Потому как до Пуэрто Принцессы из Бангкока ты полетишь вероятнее всего кривым рейсом с пересадкой через тот же Гонконг.
А с Палавана уже перелететь на другие острова, но перелет тоже будет скорее всего кривым - через туже Манилу.

Так как полетишь разными компаниями, я бы не рисковал делать пересадку часа 3 даже. Бывает, что рейс первый задерживают, и ты по прилету не успеваешь на следующий рейс. Как правило двух часов не хватает, что бы из самолета в самолет попасть. Я однажды не успел катарами, с их самолета на их же самолет, стыковка была два часа. Просто из Москвы было задержка на час, следующий самолет ждать не стал. Посадили на следующий рейс (на следующий день), сутки сидел в аэропорту в эмиратах. В город не выйти, так как не делал визу. Пропал следующий за этим перелет, так как думал что все рассчитал, сделал стыковки по 3 часа, и деньги соответственно никто не вернул.

"
Как быть со стыковками в тех странах, где нужна виза? (Типа вариантов со стыковкой в Катаре)"

Как правило там стыковки когда летишь куда-то далеко транзитом катарами (через Доху например), эмирейтцами через Дубаи, этихатами через Абу-Даби и т.п. Лучше рассчитывать на стыковки 3 - 5 часов. Больше - тоска там время в аэропорту тратить. В город выходить - надо визу заранее мутить. Только делать в этих арабских эмиратах во время стыковочного выхода в город - вообще нечего, пустыня и стекло с бетоном.

Вообще много нюансов, работающих против планирования коротких стыковок. Рассказывать тут долго можно.
7 часов тоже стыковка ни к чему, в город выйти не успеешь, а тусить в аэропорту не вижу смысла.
Совет: делай стыковки дня три, если летишь разными авиакомпаниями. Прилетишь в Гонконг или Бангкок, выйдешь в город, погуляешь, отдохнешь, выспешься в гостинице, посмотришь достопримечательности. Никуда не надо спешить и пытаться успеть, а так же бояться, что не прощелкаешь следующий рейс или наоборот будешь сидеть в аэропорту хрен знает сколько часов.
А почему у тебя будут спрашивать в Москве обратный билет из Бангкока? Может ты собрался путешествовать по миру и не знаешь, откуда домой полетишь и когда?!
В Бангкоке получаешь багаж и снова регистрируешься. Так везде.
Если перелет со стыковкой одной компанией, тогда автоматически твой багаж передают из одного самолета в другой. Меня однажды сняли с рейса в Дохе, так мой багаж тоже с рейса сняли, а я боялся, что он улетит без меня....

Справку о финдоходах никогда у меня никто в ЮВА не спрашивал.