Выше же описана примерная ситуация: чел по российскому паспорту вылетает в Европу, предъявляет его при регистрации на рейс, а его резонно спрашивают: "Шенгенской визы нет, как вы собираетесь въезжать?"

Если говорит, мол, не ваше дело, его не пускают на рейс.
Если показывает свой второй паспорт, дающий возможность безвизового въезда в Европу, это фиксируется, паспорт копируется и пересылается в ФМС.

Технически - не проблема, дело лишь в изменении инструкций.

Ну, или тот же вопрос задают на российском погранконтроле с теми же последствиями...

Методы ухода от такой неприятности описаны в ветке.